A Bandeira do Município de Assis é de autoria de José Botelho, criada pela Lei nº 1238, de 31 de março de 1966.
A bandeira conta com três faixas brancas no canto direto e no canto esquerdo, indicando os poderes legislativo, executivo e judiciário. A bandeira ainda reproduz o brasão, tudo em um fundo azul. 

Foi instituída pela Lei nº 1238, de 31 de março de 1966, sendo homologada pela Comissão Julgadora instituída na época por representantes do Poder Legislativo, Executivo, representantes do Ensino, do Comércio e Classe Liberal.

O Brasão de Assis é o símbolo da cidade. Foi instituído pela Lei nº 294, de 6 de agosto de 1954, o Brasão de Armas de Assis está dividido em três partes, tendo acima delas a coroa portuguesa para lembrar os colonizadores lusos. Sobre um fundo azul, há uma cruz de ouro, simbolizando a fé dos desbravadores do sertão e lembra o primeiro núcleo de habitantes, protegido pela cruz de Cristo e pela piedade de São Francisco de Assis, padroeiro da cidade.

A área vermelha indica as vitórias nos combates, enquanto o braço armado, com vestimenta do século XVI, remete à época das descobertas, por ser o direito, indica uma ação em nome da defesa e ampliação do município. A mão empunha uma flâmula de quatro pontas, alusão às conquistas dos bandeirantes, que aumentaram as fronteiras territoriais em direção aos quatro pontos cardeais.

Se a cruz dos navegantes portugueses recorda-se como descobridores de mundos, a flâmula içada alude às aventuras de figuras históricas como os bandeirantes João Amaro, Antônio Raposo, Bartolomeu Bueno, Domingos Jorge, e Fernão Dias, que enfrentaram o sertão empunhando as suas bandeiras.

Enquanto a cor prata surge como símbolo da lealdade, da nobreza e da glória, no alto, em forma de escudo, está o símbolo da bandeira de Minas Gerais, com um triângulo verde sobre fundo branco, relembrando a divisa "Libertas quæ sera tamen" - "liberdade ainda que tardia" - que homenageia o gesto de doação de terras do capitão Francisco de Assis Nogueira, fundador da cidade que hoje leva o seu nome.

A balança prata, símbolo do direito e da justiça, lembra que Assis foi pioneira na entrada para as terras férteis do norte do Paraná, enquanto as quatro torres evocam uma disposição simétrica, representando uma cidade modelar, onde tudo é ordem, harmonia e paz.

Um ramo de café frutificado, à direita, e outro de cana, à esquerda, representam as fontes de riqueza do Município, enquanto a divisa Deo et terræ matri - "Deus e a mãe terra".

HINO DE ASSIS

Este canto de amor tão vibrante
Comemora a data feliz
Neste Hino festivo saudamos,
Esta Terra querida de Assis!

Terra hospitaleira,
De prosperidade,
E de felicidade.

Terra de amor, terra de paz, seja feliz!
Salve cidade, cidade de Assis.

Terra de amor, terra de paz, seja feliz!
Salve cidade, cidade de Assis.
Fraternal!